Die heutige Orgel in der Stelzener Kirche wurde 1911 von Orgelbauer Johannes Strebel (Nürnberg) gebaut. Für seinen pneumatischen Neubau verwendete er Teil des Gehäuses der Vorgängerorgel der Gebrüder Hofmann (Neustadt a. d. Heide).

Eine umfangreiche Dokumentation zur Stelzener Orgel- und Kirchengeschichte ist in Dieter Hartwigs Schrift "Zur Geschichte der Orgel in der Kirche St. Marien zu Stelzen" nachzulesen.

Die Strebel-Orgel hat folgende Disposition:

Nach einem vernichtenden Gutachten Strebels über die Vorgängerorgel erhielt er den Auftrag zu einem Neubau. Bereits im Januar 1909 hatte er sich um einen Orgelneubau beworben.

"Von einer Reparatur ist überhaupt bei einem von Haus aus total mißratenem Werk einfach nichts zu erhoffen", denn der Orgelbauer Hofmann sei "nichts weniger als ein Meister seiner Kunst" gewesen. Der Gebrauch dieses Werks sei "ja stets gleichbedeutend mit einer Störung des Gottesdienstes".

Im Mai 1911 schloss die Kirchgemeinde den Vertrag mit Strebel. Anfang November erfolgte die Abnahme durch Revisor Johne, der sich als mit dem Werk sehr zufrieden zeigte. Allerdings belegt der Wartungsvertrag mit Orgelbauer Kühn von 1883 jährlich notwendige Reparaturen.

Die Ausführungen Strebels widersprechen allerdings dem heutigen fachlichen Urteil über die Orgelbauer Hofmann. Hatte auch Orgelrevisor Anding zur Abnahme des vorherigen Werks im Februar 1868 in seinem Gutachten geschrieben: "die einzelnen Stimmen [sind] hinsichtlich ihrer Intonation und Klangfarbe als vorzüglich, ja einzelne z. B. Salicional 8' als meisterhaft gelungen zu bezeichnen". Er kommt gar zum dem Schluss, "daß das ganze Werk als Muster einer Orgel für eine Kirche von der Größe, wie die in Stelzen, gelten kann". Auch seien die Springladen für das Hauptmanual vorzüglich gelungen.

Die Stelzener Orgel gilt als das letzte Werk der Gebrüder Hofmann. Sie wurde am 9. Februar 1868 geweiht. Im Sommer des vergangenen Jahres (nach einjähriger Bauzeit) war sie vollendet worden. Beide Brüder, Ernst Ferdinand und Gottlieb Traugott Hofmann, verstarben bereits im Oktober 1867 an Typhus.

Die Hofmann-Orgel hatte folgende Disposition:

Doch auch die Hofmann-Orgel war nicht die erste dieser Kirche. Ihr voran geht ein Werk des Hildburghäuser Orgelbauer Dotzauer aus dem Jahr 1739, das im Altarraum platziert war. Diese Orgel ersetzt ein Werk des Orgelbauers Krapp von 1673. Die Dotzauer-Orgel ist noch 1827 mit zwei Manualen und 20 Registern bezeugt. Details sind nicht bekannt.