Wie sich wohl zu spät herausstellte, stammte die Waffenroder Orgel aus der Werkstadtt von Christoph Hofmann & Söhne. Sie wurde - pünktlich zur Weihe der Kirche am 1. Advent - im Jahr 1928 der Kirchengemeinde Rauenstein (Landkreis Sonneberg) abgekauft. Vergleichsorgeln lassen auf ein Erbauungsjahr um 1864 schließen.

Sicher auch aufgrund eines Gutachtens aus dem Jahr 1983, das die Hypothese aufstellt, dass "für die Orgel alte Teile und Register aus abgetragenen Orgeln verwendet wurden", wurde der historische Wert des Instruments verkannt. Selbiger Gutachter empfiehlt bereits im Frühjahr 1984 einen Orgelneubau. 1990 wird die Orgel schließlich stillgelegt und ein Jahr später durch ein Orgelpositiv der Firma Schönefeld (Stadtilm) ersetzt. Die Finanzierung ermöglichte sich auch durch den Verkauf der alten Orgelpfeifen.

Die Waffenroder Hofmann-Orgel hatte folgende Disposition: