Die Schönbrunner Orgel wurde während der Blütezeit der Werkstatt Wagner im Jahr 1785 gefertigt. Die Arbeiten in der Folgezeit beschränkten sich auf Wartungsarbeiten durch die Schmiedefelder Werkstätten.
In der Zeit der Romantik kam es zu größeren Umbauten, vorgenommen um 1880 durch Orgelbauer Michael Schmidt (Schmiedefeld). Doch schon ab 1925 wandelte sich das Klangbild rückbesinnend auf das Barock wieder, blieb dem Originalzustand aber dennoch fremd. 1955 erfolgte durch die Firma Böhm ein neobarocker Umbau.
1. Principal 8'
2. Bordun 16'
3. Gambe 8'
4. Hohlflöte 8'
5. Gedackt 8'
6. Octave 4'
7. Hohlflöte 4'
8. Octave 2'
9. Cornett 3f.
10. Mixtur 3-4f.
11. Geigenprincipal 8'
12. Lieblich Gedackt 8'
13. Spitzflöte 4'
14. Flauto dolce 4'
15. Principal 2'
Koppel II/I
Koppel I/Pedal
16. Violonbass 16'
17. Subbass 16'
18. Octavbass 8'
19. Posaunenbass 16'
Die Orgel wurde in den Jahren 2000 bis 2003 durch die Orgelbaufirma Rösel & Hercher (Saalfeld) umfassend restauriert.
Vor der Restaurierung sah die Disposition wie folgt aus:
HAUPTWERK:
Principal 4'
Bordun 16'
Principal 8'
Quinte 2 2/3'
Sifflöte 1'
Gedackt 8'
Holzflöte 4'
Sesquialtera 2f.
Octave 2'
Mixtur 4f.
OBERWERK:
Rohrflöte 8'
Quintade 8'
Spitzflöte 4'
Nachthorn 2'
Cimbel 2f.
vacanter Registerstock
PEDAL:
Italienisch Principal 4'
Violon 16'
Subbaß 16'
Octavenbaß 8'